Pourquoi les données sont essentielles pour lutter contre la pandémie

Le rythme d’envoi de cette newsletter s’est malheureusement réduit depuis une semaine, mais pour de bonnes raisons : des chercheurs de l’université d’Oxford mènent un énorme travail de collecte de données pour le site Our World in Data, et je me suis joint depuis lundi dernier à leurs efforts. Une première version de ce nouveau dataset a été publiée vendredi soir, et je vous en propose ici une présentation.

Pourquoi des données sur les tests ?

L’importance cruciale des données pour l’avenir de nos sociétés modernes, une idée souvent scandée à tout-va à l’ère du « big data », est devenue une réalité tout à fait tangible depuis quelques semaines. Sans données, il est impossible de comprendre comment la pandémie de COVID-19 progresse. Sans données, nous ne pouvons pas répondre de façon appropriée à la menace, en tant qu’individus ou en tant que société. Et nous ne pouvons pas identifier quelles mesures sont les plus efficaces contre l’épidémie.

Le nombre de cas confirmés est la mesure principale pour suivre le développement de la pandémie. Mais la confirmation des cas est basée sur un test : l’Organisation mondiale de la santé définit un cas comme « une personne dont l’infection au SARS-CoV-2 a été confirmée par un laboratoire ». Un pays pourrait ainsi afficher une absence totale de COVID-19 dans sa population, uniquement parce qu’aucun test n’est pratiqué sur les personnes souffrant (ou décédant) d’une pneumonie. Des données précises sur les tests sont donc absolument essentielles pour estimer la fiabilité des « autres » données, celles des cas confirmés et des décès.

Des différences immenses entre les pays

Certains pays fournissent des données détaillées, claires, et régulièrement mises à jour sur le nombre de tests effectués. L’Islande ou l’Estonie font figures d’exemples, comme souvent en matière d’open data. D’autres pays, au contraire, publient des données très incomplètes, voire tout simplement aucune information. Cela rend impossible, pour leurs citoyens comme pour des chercheurs, d’évaluer l’étendue et l’efficacité des tests sur leur territoire.

À titre d’exemple, pour la France :

• L’agence nationale de santé publique met en ligne très irrégulièrement (parfois tous les jours, parfois une seule fois en 8 jours) un résumé de la situation épidémiologique nationale.

• La partie consacrée aux tests est difficile à trouver : vers le milieu du document, un paragraphe mentionne le total national depuis le début de l’épidémie.

• Les chiffres sont d’abord donnés pour les tests dans les hôpitaux, et ailleurs sur la page pour les laboratoires médicaux (les données pour les laboratoires étaient totalement absentes jusqu’à la semaine dernière).

• Aucune évolution quotidienne n’est donnée dans le rapport ; il est donc par exemple impossible de juger d’une accélération très récente du nombre de tests.

• Ces informations sont contenues dans un fichier PDF, rendant difficile l’automatisation de la collecte des données.

• Aucune définition précise des termes n’est donnée : à ce jour, nous ne savons pas avec certitude si les chiffres français sont ceux du nombre de tests effectués ou du nombre de personnes testées (une personne faisant souvent l’objet de 2 ou 3 tests pour confirmer son diagnostic).

Notre connaissance actuelle des tests sur le COVID-19 – et donc de la pandémie elle-même – bénéficierait grandement d’une plus grande attention portée par les pays à la publication de leurs données, en suivant des exemples comme ceux de l’Islande et l’Estonie.

Notre dataset sur les tests

Our World in Data a donc publié hier un nouveau dataset, qui couvre pour l’instant 26 pays, dont la France. Le total des tests est disponible pour chaque pays, ainsi que le nombre par million d’habitants – une donnée essentielle pour réellement comparer des pays aussi différents que l’Inde et l’Autriche. Ces premiers résultats montrent des différences assez saisissantes entre :

• Des pays comme l’Allemagne, l’Italie, l’Estonie, qui ont entrepris un immense travail d’accélération des tests depuis mi-mars.

• D’autres, comme la France, les États-Unis, la Belgique, le Royaume-Uni, qui annoncent régulièrement un nombre de tests effectués en hausse, mais à une vitesse bien moins élevée.

• Enfin, des pays où les tests sont presque totalement absents (Inde, Philippines, Indonésie) ou très faibles (Japon), malgré une population extrêmement nombreuse.

Article original

Joe Hasell, Esteban Ortiz-Ospina, Edouard Mathieu, Hannah Ritchie, Diana Beltekian and Max Roser, Data on COVID-19 testing – Our World in Data